La atención a la diversidad sexual y de género desde el ámbito sanitario tiene un breve recorrido en nuestro país. En el caso de la población infanto-juvenil ha habido un aumento exponencial, en las consultas de salud mental en general, y de las agendas especializadas en identidad de género, en particular, en los últimos años. A nivel comunitario se han desarrollado leyes y protocolos en base a procurar la atención integral multidisciplinar, adecuada y suficiente, desde una óptica profesional segura y garantista de los derechos fundamentales de los menores. En este artículo se aborda la necesidad del acompañamiento psicológico a menores y sus familias, en este tipo de procesos, así como la estructura, metodología, casuística y organización de esta atención protocolizada en la Comunidad de Madrid.