La detección de todo el exoma identifica nuevas variantes de riesgo raras para el trastorno de depresión mayor

Autor/autores: Shiqiang Cheng, Bolun Cheng, Li Liu...(et.al)

A pesar de que hasta la fecha GWAS ha identificado miles de loci genéticos comunes de trastornos de depresión mayor (MDD), una gran proporción de la variación genética que predispone a MDD sigue sin tenerse en cuenta. Al utilizar el conjunto de datos del exoma 200, 643 del Biobanco del Reino Unido recientemente publicado, llevamos a cabo un estudio de asociaci&o...

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Al utilizar el conjunto de datos del exoma 200, 643 del Biobanco del Reino Unido recientemente publicado, llevamos a cabo un estudio de asociación de todo el exoma para identificar variantes de riesgo raras que contribuyen a MDD.

Después del control de calidad, se incluyeron 120 033 participantes con valores de puntuación de riesgo poligénico (PRS) de MDD. Los individuos con un cuantil inferior al 30% del valor de PRS se filtraron para la selección de casos y controles. Luego, los casos se establecieron como individuos con el cuantil superior del 10% de la puntuación de depresión de PHQ y el cuantil inferior del 10% como controles. Finalmente, se incluyeron en este estudio 1612 casos y 1612 controles.

Las variantes fueron anotadas por el software ANNOVRA. Después de las exclusiones, 34, Se importaron 761 variantes calificadas, incluidas 148 variantes de cambio de marco, 335 variantes sin cambio de marco, 33 758 no sinónimas, 91 de pérdida inicial, 393 de ganancia limitada, 36 de pérdida limitada al paquete SKAT R para realizar variantes individuales, carga basada en genes y pruebas de carga robustas con frecuencia de alelos menores (MAF) < 0, 01.

La prueba de asociación de una sola variante identificó una variante, rs4057749 (P = 5, 39 × 10-9 ), dentro del gen OR8B4 en un nivel de significación de todo el exoma. La prueba de carga genética de las variantes exónicas identificó asociaciones significativas en todo el genoma en OR8B4 ( P SKAT = 6, 23 × 10 −5 , P SKAT Robusto = 4, 49 × 10 −5 ), TRAPPC11 (P SKAT = 0, 014, P SKAT Robusto = 0, 015), SBK3 ( P SKAT = 0, 020, P SKAT Robusto = 0, 025) y TNRC6B ( P SKAT = 0, 026, PSKAT robusto = 0, 036).

Identificamos múltiples variantes de riesgo raras novedosas que contribuyen a MDD en las personas con menor PRS de MDD. Los hallazgos pueden ayudar a ampliar los conocimientos genéticos de la patogénesis del MDD.

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