El propósito de este estudio fue determinar el grado de Síndrome de Desgaste Emocional (burnout) en investigadores del Sistema Nacional de Investigadores (SNI) del estado de Yucatán y explorar la percepción de las condiciones institucionales que pudieran asociarse al síndrome.Para esto, se administró un cuestionario de lápiz y papel a 109 investigadores afiliados al SNI de 6 instituciones del estado de Yucatán. Dicho instrumento constaba de una escala para evaluar la desperzonalización, el agotamiento emocional y la falta de realización con 5 ítems por variable en escala lickert y una sección de preguntas abiertas al respecto de la institución y su situación laboral.Los resultados muestran ausencia relativa del síndrome, pero tendencia a presentarlo en el periodo de 10 y 20 años de antigüedad. La información cualitativa muestra como factores de estrés laboral la multiplicidad de roles que tienen que asumir, la falta de grupos de trabajo consolidados, de infraestructura administrativa y operativa y los sistemas de evaluación internos.Mayor investigación en cuanto al estrés laboral de los investigadores es necesaria para prevenir la aparición del Síndrome de Desgaste Emocional (SDE) en los investigadores Mexicanos.