Nació en Mulhouse,( Alsacia). Estudió en Estrasburgo donde presentó su tesis doctoral en 1867 ,hasta la ocupación alemana de 1871, lo que le obligó a emigrar a Nancy ,habiendo sido nombrado suplente de Hirtz en la Universidad y posteriormente Catedrático de Medicina interna en 1879.

Nunca se ocupó de las enfermedades de la mente hasta que se interesó por los trabajos de Liebeault, que en Nancy trataba sus enfermos mediante sueño provocado , por lo que se ocupó de la hipnosis. Formó un grupo con Liebault,Beaunis y un jurista, Liégeois, y dirigió lo que vino en llamarse la Escuela de Nancy que comenzaron en 1882 ha publicar artículos en la Revue medicale de l’Est sobre el estado hipnótico.

En 1884 publicó su primera monografía sobre hipnosis, es decir, dos años después de la primera publicación de Charcot sobre el tema , y desde ese momento se inició una intensa polémica entre las Escuelas de Nancy y de La Sâlpetriêre.

En su Monografía ,Bernheim niega la significación de las teorías fluídicas y magnéticas ,la acción del imán y cualquier otra interpretación de fenómenos “maravillosos” y redujo el hipnotismo a un fenómeno fisiológico provocado que puede conseguirse, con mayor o menor facilidad, en cualquier sujeto. El estado hipnótico, por otro lado, no es un estado patrimonio de la histeria y solo esta en juego el papel de la sujestión.

Aunque la polémica de Berheim se prolongó tras la muerte Charcot con Gilles de la Tourette y Babinski, sin embargo hay que señalar que sus ideas están en cierto modo mas próximas entre estos autores de lo que ellos mismos admitieron.

En 1886, Bernheim publicó su libro de texto De la Suggestión et de ses aplications a la thérapeutique y en 1891, Hypnotisme,Suggestion ,Psychotherapie, y ese mismo año, Etudes nouvelles, .Las dos últimas obras fueron traducidas por Freud. Es en ellas donde Bernheim se opone a la tesis de Charcot, señalando que la hipnosis es efecto de la sugestión. Sus ideas terminaron por ser aceptadas por todo el mundo.