Antecedentes
La esquizofrenia (SCZ) es un tipo de trastorno psiquiátrico que se caracteriza por múltiples síntomas. Nuestro objetivo es descifrar los mecanismos relevantes de las firmas genéticas relacionadas con el sistema inmunitario en la SCZ.
Métodos
El conjunto de datos de la SCZ y sus genes inmunorreguladores asociados se recuperaron utilizando Gene Expression Omnibus (GEO) y un análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes de una sola muestra (ssGSEA).
Los módulos de genes coexpresados se determinaron mediante un análisis de red de correlación de genes ponderada (WGCNA). Para dilucidar las características funcionales de estos grupos, se utilizaron análisis de Gene Ontology (GO) y Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG).
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Además, se llevaron a cabo análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes (GSEA) y análisis de variación de conjuntos de genes (GSVA) para identificar vías enriquecidas para los subgrupos inmunes. Se realizó un análisis de red de interacción proteína-proteína (PPI) para identificar genes centrales relevantes para la SCZ.
Resultados
Se observó una puntuación inmunitaria significativamente más alta en la SCZ en comparación con las muestras de control.
Se identificaron siete módulos genéticos distintos, y los genes resaltados en verde se seleccionaron para un análisis posterior. Utilizando el método de identificación de tipo celular mediante la estimación de subconjuntos relativos de transcripciones de ARN (CIBERSORT), se calcularon los grados de adhesión y acumulación de células inmunitarias relacionados con 22 tipos diferentes de células inmunitarias.
Los bioprocesos significativamente enriquecidos relacionados con los genes inmunorreguladores con expresiones diferenciales incluyeron interferón beta, unión de IgG y respuesta a interferón gamma, según los análisis de GO y KEGG. Once genes centrales relacionados con la infiltración inmunitaria surgieron como actores clave entre los tres términos GO mejor clasificados.
Conclusiones
Este estudio subraya la participación de las reacciones inmunorreguladoras en el desarrollo de SCZ.
Once genes relacionados con el sistema inmunitario ( IFITM1 (proteína transmembrana inducida por interferón 1), GBP1 (proteína de unión al guanilato 1), BST2 (antígeno 2 de células estromales de la médula ósea), IFITM3 (proteína transmembrana inducida por interferón 3), GBP2 (proteína de unión al guanilato 2), CD44 (molécula CD44), FCER1G (Ig del receptor Fc épsilon), HLA-DRA (complejo mayor de histocompatibilidad, clase II, DR alfa), FCGR2A (receptor Fc gamma IIa), IFI16 (proteína inducible por interferón gamma 16) y FCGR3B (receptor Fc gamma IIIb)) se identificaron como genes centrales, que representan biomarcadores potenciales y dianas terapéuticas asociadas con la respuesta inmunitaria en pacientes con SCZ.
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