Última actualización web: 20/05/2019

Convergencia de las pruebas de un estudio de asociación CpG-SNP en el metiloma y GWAS del trastorno depresivo mayor

Artículo | Depresión | 29/11/2018

  • Autor(es): Karolina A. Aberg, Andrey A. Shabalin, Robin F. Chan...(et.al)
  • Título original: Convergence of evidence from a methylome-wide CpG-SNP association study and GWAS of major depressive disorder
  • Fuente: slational Psychiatryvolume
  • Referencia: VOL 8- Num 162
RESUMEN

La metilación del ADN es una modificación epigenética que proporciona estabilidad y diversidad al fenotipo celular. Está influenciada tanto por la variación de la secuencia genética como por los factores ambientales, y por lo tanto puede explicar la variación de fenotipos y trastornos hereditarios. Por lo tanto, los estudios de asociación de metiloma (MWAS) son complementos prometedores de los estudios de asociación de genoma (GWAS) de variantes genéticas. De particular interés son los sitios de metilación (CpG) que son creados o destruidos por los alelos de los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), ya que estos llamados CpG-SNPs pueden mostrar una variación en los niveles de metilación por encima de lo que puede explicarse por la secuencia variación. Usando datos basados ​​en la secuenciación de 1132 casos y controles de trastorno depresivo mayor (TDM), realizamos un MWAS de 970,414 CpG-SNPs comunes. El análisis identificó 27 asociaciones CpG-SNPs sugestivamente significativas (P <1.00 × 10−5). Además, los resultados del MWAS fueron sobre representados (cocientes de probabilidades que oscilaron entre 1,36 y 5,00; P con un rango de 4,9 × 10−3–8,1 × 10−2) entre los hallazgos de tres GWAS recientes para fenotipos relacionados con el MDD. Dado que el análisis de CpG-SNP explica la cantidad de alelos que crean los CpG, las diferencias de metilación no podrían explicarse por las diferencias en las frecuencias alélicas. Por lo tanto, los resultados muestran que los MWAS y GWAS proporcionan líneas de evidencia independientes para la participación de estos loci en el MDD. En conclusión, nuestro estudio de metilación de MDD aporta información novedosa sobre loci de relevancia que complementa los hallazgos anteriores y genera nuevas hipótesis sobre la etiología de MDD, como que los efectos funcionales de la asociación genética pueden estar parcialmente mediados y / o mejorados por el estado de metilación en estos loci.

Para acceder al texto completo consulte las características de suscripción de la fuente original:https://www.nature.com



ABSTRACT

DNA methylation is an epigenetic modification that provides stability and diversity to the cellular phenotype. It is influenced by both genetic sequence variation and environmental factors, and can therefore potentially account for variation of heritable phenotypes and disorders. Therefore, methylome-wide association studies (MWAS) are promising complements to genome-wide association studies (GWAS) of genetic variants. Of particular interest are methylation sites (CpGs) that are created or destroyed by the alleles of single-nucleotide polymorphisms (SNPs), as these so-called CpG-SNPs may show variation in methylation levels on top of what can be explained by the sequence variation. Using sequencing-based data from 1132 major depressive disorder (MDD) cases and controls, we performed a MWAS of 970,414 common CpG-SNPs. The analysis identified 27 suggestively significant (P < 1.00 × 10−5) CpG-SNPs associations. Furthermore, the MWAS results were over-represented (odds ratios ranging 1.36–5.00; P ranging 4.9 × 10−3–8.1 × 10−2) among findings from three recent GWAS for MDD-related phenotypes. Overlapping loci included, e.g., ROBO2, ASIC2, and DCC. As the CpG-SNP analysis accounts for the number of alleles that creates CpGs, the methylation differences could not be explained by differences in allele frequencies. Thus, the results show that the MWAS and GWASs provide independent lines of evidence for the involvement of these loci in MDD. In conclusion, our methylation study of MDD contributes novel information about loci of relevance that complements previous findings and generates new hypothesis about MDD etiology, such as that the functional effects of genetic association may be partly mediated and/or enhanced by the methylation status in these loci.


Url corta de esta página: http://psiqu.com/2-57561

Comentarios de los usuarios



No hay ningun comentario, se el primero en comentar
PUBLICIDAD
PRÓXIMOS CURSOS ONLINE
psiquiatria.com - Portal número 1 en salud mental en lengua castellana