El análisis ponderado de redes de coexpresión génica identifica módulos específicos y genes centrales relacionados con la depresión mayor

Autor/autores: Zhang G, Xu S, Yuan Z...(et.al)

A pesar de los avances en la caracterización de la neurobiología de los trastornos emocionales, todavía existe una falta significativa de comprensión científica de los mecanismos fisiopatológicos que rigen el trastorno depresivo mayor (MDD). Este estudio intentó dilucidar la circuitería molecular de MDD e identificar más genes potencia...

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Los datos de microarrays del conjunto de datos GSE98793 se descargaron de la base de datos NCBI Gene Expression Omnibus (GEO), incluidos 128 pacientes con MDD y 64 controles sanos. Se realizó un análisis de red de coexpresión génica ponderada (WGCNA) para encontrar módulos de genes expresados diferencialmente (DEG) con altas correlaciones, seguidos de análisis de enriquecimiento de vías de Ontología génica (GO) y Enciclopedia de genes y genomas de Kyoto (KEGG) para obtener una mayor comprensión biológica del los tres principales módulos clave. También se analizaron la red de interacción proteína-proteína (PPI), los módulos de la red PPI y el enriquecimiento de módulos de anotación genética.

Filtramos 3276 genes que se consideraron DEG significativos para un análisis posterior de WGCNA. Al realizar WGCNA, descubrimos que los módulos funcionales turquesa, azul y marrón estaban fuertemente correlacionados con el desarrollo de MDD, incluida la respuesta inmune, la desgranulación de neutrófilos, la biogénesis de ribosomas, la activación de células T, el proceso biosintético de glucosaminoglucano y la actividad activadora de la proteína serina / treonina quinasa. Los genes hub se identificaron en los módulos funcionales clave que podrían tener un papel en la progresión de MDD. La anotación funcional mostró que estos módulos enriquecieron principalmente rutas de KEGG como la ruta de señalización de TNF, la ruta de señalización del receptor de células T, la inmunodeficiencia primaria, la diferenciación de células Th1, Th2 y Th17, la autofagia y la degradación de ARN y la fosforilación oxidativa. Estos resultados sugieren que estos genes están estrechamente relacionados con la autofagia y la función inmune celular.

Los resultados de este estudio pueden ayudar a dilucidar la fisiopatología del desarrollo de MDD a nivel molecular y explorar los posibles mecanismos moleculares para nuevas estrategias de intervención.

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