Autor/autores:
Abolfazl Doostparast Torshizi, Chris Armoskus, Hanwen Zhang...(et.al)
La aplicación de la desconvolución específica de tejido de las redes transcripcionales para identificar sus reguladores maestros (MR) en los trastornos neuropsiquiátricos no ha sido explorada en gran medida. Aquí, usando dos conjuntos de datos de RNA-seq de control de casos de esquizofrenia (SCZ), uno en la corteza prefrontal dorsolateral postmortem (DLPFC) y ot...
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La aplicación de la desconvolución específica de tejido de las redes transcripcionales para identificar sus reguladores maestros (MR) en los trastornos neuropsiquiátricos no ha sido explorada en gran medida.
Aquí, usando dos conjuntos de datos de RNA-seq de control de casos de esquizofrenia (SCZ), uno en la corteza prefrontal dorsolateral postmortem (DLPFC) y otro en neuroepitelio olfativo cultivado, desconvoluvimos las redes transcripcionales e identificamos TCF4 como un candidato principal MR que puede estar desregulado en SCZ.
Validamos TCF4 como MR a través del análisis de enriquecimiento de los sitios de unión de TCF4 en neuronas derivadas de células madre pluripotentes inducidas (hiPSC) y en células de neuroblastoma. Validamos aún más los objetivos pronosticados de TCF4 al derribar TCF4 en células progenitoras neurales derivadas de hiPSC (NPC) y neuronas glutamatérgicas (Glut_Ns). La perturbada red de genes TCF4 en los NPC estaba más enriquecida para las vías involucradas en la actividad neuronal y los genes de riesgo asociados con SCZ, en comparación con Glut_Ns.
Nuestros resultados sugieren que TCF4 puede servir como MR de una red de genes desregulada en SCZ en las primeras etapas del desarrollo neurológico.
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