Autor/autores:
Shen He, Zhifang Deng, Zhao Li...(et.al)
El trastorno depresivo mayor (TDM) es una enfermedad mental debilitante y una de las principales causas de suicidio. Este estudio intentó desarrollar y validar una firma conjunta multigénica para diagnosticar el TDM basado en genes relacionados con la autofagia (ARG) y explorar su papel biológico en el TDM. Descargamos datos de la base de datos Gene Expression Omnibus (GEO) y ...
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El trastorno depresivo mayor (TDM) es una enfermedad mental debilitante y una de las principales causas de suicidio. Este estudio intentó desarrollar y validar una firma conjunta multigénica para diagnosticar el TDM basado en genes relacionados con la autofagia (ARG) y explorar su papel biológico en el TDM.
Descargamos datos de la base de datos Gene Expression Omnibus (GEO) y recuperamos ARG de la Base de datos de autofagia humana. El paquete limma en el software R se utilizó para identificar genes expresados diferencialmente (DEG). Usamos CIBERSORT para analizar las diferencias en el microambiente inmunológico entre pacientes con TDM y controles. Finalmente, examinamos la correlación entre los marcadores de diagnóstico y las células inmunes infiltrantes para comprender mejor el mecanismo inmunológico molecular.
En este estudio, identificamos 20 ARG expresados diferencialmente en TDM en comparación con los controles. Se obtuvo una firma de 4 genes relacionados con la autofagia (GPR18, PDK4, NRG1 y EPHB2). El análisis ROC mostró que nuestro modelo tiene un buen rendimiento diagnóstico (AUC = 0, 779, IC del 95% = 0, 709-0, 848). El análisis bioinformático validó que GPR18 puede representar un nuevo gen candidato para MDD. El análisis de correlación reveló que GPR18 se correlacionó positivamente con células T reguladoras (Treg), células T CD8 + , células B vírgenes y células B de memoria y se correlacionó negativamente con macrófagos M0 y neutrófilos en MDD.
Esta fue una segunda extracción de conjuntos de datos publicados anteriormente. Se requieren estudios independientes para validar y mejorar la utilidad clínica de la firma identificada.
Identificamos una nueva firma genética de cuatro ARG que tiene un buen rendimiento diagnóstico e identificamos una asociación entre los genes ARG y el microambiente inmunológico en el TDM.
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