Bajo el desarrollo de las neurociencias, la psicoterapia necesita basar sus herramientas en los procesos neurales. Los procesos mentales pueden ser modificados efectivamente por la psicoterapia. La psicoterapia basada en la evidencia, está mediada por sus efectos sobre el cerebro.
Si no hace esto, deja de ser efectiva. La psicoterapia es un proceso de aprendizaje, por lo tanto necesita del apoyo de la terapia cognitivo-conductual con sus herramientas conduciendo a un substancial cambio en la conducta. Principalmente en los llamados "desordenes neuróticos" y en las depresiones, que están relacionadas con cambios en la función y estructura neural.